董仲舒在继承孔子正名思想的同时，也继承了孟子的民本思想。他一方面主张尊君，另一方面也强调重民。他假借天的名义阐发这一观点：“天之生民，非为王也，而天立王以为民也。故其德足以安乐民者，天予之；其恶足以贼害民者，天夺之。”在他看来，天意也就是民意，君主要维护自己的统治，要顺从天意，体察民意，以民为政权的根基。君主若不能使民众得到安乐，便动摇了根基，失去为君的资格。从这种重民的思想出发，他提出“限民名田，以赡不足，塞兼并之路”、“薄赋敛，省繇役，以宽民力”等主张。董仲舒是最早注意到土地兼并的危害性的儒家学者，他主张限制地方豪强势力，维护中央政权，保障人民最起码的生存条件，这对于封建社会的巩固和发展有积极意义。

鉴于秦王朝厉行苛刑峻法导致二世而亡的历史教训，董仲舒重申儒家的德治和仁政主张，提出“任德而不任刑”的政治统治原则。他指出，君主的职责是“承天意以成民之性为任者也”，因此应当以教化为治国的主要手段，而不是一味地滥用刑罚。他把人性分为三类：一类是不待教而能为善的“圣人之性”；另一类是虽经教化也难为善的“斗筲之性”；再一类是通过教化而后可以为善的“中民之性”。在这三种人中，“中民之性”为大多数，所以注重教化的仁政是可以行得通的。他告诫君主“下务明教化民，以成性也；正法度之宜，别上下之序，以防欲也。”董仲舒强调“任德”，但并不排斥用刑。他主张刑德并用，以刑辅德。他说：“教，政之本也；狱，政之末也。其事异域，其用一也”，“庆赏以立其德”，“刑罚以立其威。”他关于刑德关系的看法同荀子“隆礼尊贤而王，重法爱民而霸”的观点是一致的。

为了维护封建大一统，董仲舒提出天人感应说。这是董仲舒对儒学所作的重大改造，而赋予儒学以神学的内涵。他把天说成创造万物的至上神。“天者，万物之祖，万物非天不生。”他特别强调天与人的一致性，视天为人的曾祖父，并采取象数类比的方法说明天与人具有相同的结构：“天以终岁之数，成人之身，故小节三百六十六，副日数也；大节十二分，副月数也，内有五脏，副五行数也；外有四肢，副四时也，乍视乍瞑，副昼夜也；乍刚乍柔，副冬夏也；乍哀乍乐，副阴阳也；心有计虑，副度数也；行有伦理，副天地也。”董仲舒把孟子、《易传》、《中庸》的天人合一思想推向极端，使之从义理意义上的合一度成象数意义上的合一。按照他的说法，天无非是放大了的人，而人则是缩小了的天。

董仲舒利用阴阳五行的思维框架说明人与天之间存在着某种神秘的联系。比如，“阳贵而阴贱，天之制也”。引申到人事：“君臣父子夫妇之义，皆取诸阴阳之道。君为阳，臣为阴；父为阳，子为阴；夫为阳，妻为阴。”他以阳贵阴贱论证三纲的绝对性，把封建的尊卑等级观念说成是天意的体现。他把“任德不任刑”的政治统治原则也归结为天意：“王者欲有所为，宜求其端于天。天道之大者在阴阳，阳为德，阴为刑，刑主杀而德主生。是故阳常居大夏，而以生育养生为事，阴常居大冬，而积于空虚不用之处。以此见天之任德不任刑也。”任刑还是任德，或者王道还是霸道，是秦汉以来思想家们长期争论的问题，董仲舒从阴阳学家那里取来阴阳思维框架把这一问题解决了。他的阴法阳儒的观点，把法家的法治学说作为一个环节纳入到儒家的思想体系。

董仲舒还利用五行相克相生的关系比附人事，以神秘的手法为儒家伦常观念张目。他说：“天有五行，一曰木，二曰火，三曰土，四曰金，五曰水。木，五行之始也；水，五行之终也；土，五行之中。此其天次之序也。木生火，火生土，土生金，金生水，此其父子也。木居左，金居右，火居前，水居后，土居中央，相受而布。”他以五行相生关系比附子对于父的从属关系，以土为中央说论证中央集权制的合理性。五行本意是指五种物质元素，而董仲舒却把它解释为忠臣孝子的行为，严重地混淆了自然现象和社会现象。

董仲舒从“天人感应”理论中引申出“符瑞”说和“谴告”说。符瑞表示“王者承天命以从事”，是天为了鼓励君主而显现出来的吉兆。他引用《尚书传》上的一些传说证明符瑞的灵验：“周将兴之时，有大赤乌衔谷之种而集王屋之上者，武王喜，诸大夫皆喜。周公曰：茂哉！茂哉！天之见此以劝之也。恐恃之。”“谴告”与“符瑞”相反，它是天对君主失政敲起的警钟，“天人相与之际，甚可畏也。国家将有失道之败，而天乃先出灾害以谴告之；不知自省，又出怪异以警惧之；尚不知变，而伤败乃至”。在董仲舒看来，自然灾害完全是由“人祸”引起的。所以，当发生自然灾害的时候，君主应当自我反省，检讨自己的过失，不要辜负天意。董仲舒告诫君主：“五行变至，当救之以德，施之天下，则咎除。”即以德政感化上苍，只有如此方可消灾弥难。如若不然，“不救以德，不出三年，天当雨石”。从董仲舒的天谴说中，很容易看出墨家天志说的影响。董仲舒试图把天意描绘为一种监督帝王的神秘力量。但是，这种学说是同“君权神授”理论相联系的，实际上并不能起到限制君权的作用。所以君主倒很乐意接受这种学说用来维护自己的权势。在封建社会，每当发生天灾，皇帝往往下“罪己诏”装装样子。董仲舒的“符瑞”说和“谴告”说开了汉代谶纬之学的先河。

董仲舒创立的今文经学借助神学的形式阐发儒家思想，这相对于古典儒学的理性主义精神来说，无疑是一种倒退。但这种倒退却是儒学发展过程中必不可少的一个环节。在统一的封建社会建立的初期，在整个社会的文明程度还不很高的情况下，董仲舒只有借助神学的形式才能使儒学从学术殿堂中走出来，变成全社会能够接受和认同的意识形态。如果说古典儒学以政治与伦理紧密结合为基本特征，那么，到了董仲舒这里已变成宗教、政治、伦理三者的紧密结合，这就是董仲舒对儒学的发展。董仲舒的儒学思想具有独断的、准宗教的性质，这是不可掩饰的事实。不过也应当看到，董仲舒只不过是借助神学的形式把儒家的入学思想表达出来了。他所关心的依然是人伦关系、社会统治原则等此岸世界的事情，并没有把人们引入超人间的信仰领域，这并不违背儒家的人世传统。所以，从总体上看，他所创立的今文经学还不能完全归结为神学。

以董仲舒为代表的今文经学既有维护王权的一面，又有与王牴牾的一面。例如，他宣传的民本思想与“天谴”说，都包含着对王权加以限制的意思。另外，今文经学严格地按师法家法传授，不可避免地形成各种门户之见。为了消除经学与王权之间的矛盾和经学内部的分歧，封建帝王常常亲自出面干预学术讨论。甘露三年（前）汉宣帝在未央宫石渠阁“诏诸儒讲五经异同”，召开御前学术会议，史称“石渠阁议”。有《易》学博士施雠等人参加了这次会议。会议决定增立梁丘《易》、大小夏侯《尚书》、《谷梁春秋》博士。石渠阁议是汉代经学史上的一次重要会议，为建立统一的经学铺平了道路。但它并未完全解决问题。东汉建初四年（）章帝再次出面，“下太常、将、大夫、博士、议郎、郎官及诸生、诸儒会白虎观，讲议五经同异。……帝亲称制临决，如孝宣甘露石渠故事，作《白虎议奏》”。《白虎议奏》已佚，现存由班固在会后整理成书的《白虎通义》。这是一部自董仲舒以来今文经学经义的总汇，也是一部钦定的儒学法典。《白虎通义》比董仲舒的《春秋繁露》更加突出王权至上的思想，强调“王者，父天母地，为立之子”，具有至高无上的权力，臣民们必须绝对服从皇帝的旨意。这样，便把儒学完全变成王权的附庸。《白虎通义》把五经同异中的一些学术分歧，也一概统一到王权至上的观念上，凡危及王权的学说一律予以剔除。《白虎通义》论述了爵、号、谥、五祀、社稷、礼乐、封公侯、京师、五行、三军、诛伐、谏诤、乡射、致仕、辟雍、灾变、耕桑、封禅、巡狩、考黜、王者不臣、蓍龟、圣人、八风、商贾、瑞贽、三正、三教、三纲六纪、情性、寿命、宗族、姓名、天地、日月、四时、衣裳、五刑、五经、嫁娶、绋冕、丧服、崩薨等个专题，几乎涵盖了封建社会从经济基础到上层建筑的方方面面。在这个专题中，都贯穿着三纲五常这一根本思想。《白虎通义》把今文经学发展到最完备的程度。然而，由于它把今文经学完全纳入专制主义的轨道，从而也就扼杀了它的生机，致使今文经学趋于僵化。

以董仲舒为代表的今文经学的神学倾向的进一步发展，便导致谶纬之学的兴起。谶是一种神秘预言，与儒学没有必然联系。早在秦始皇时代就有“亡秦者胡也”的谶语。纬是相对于经而言的，纬书是儒生傍依儒家经书杜撰出来的神学著作，往往假托圣人的名义兜售迷信思想。《四库全书总目·易类六》说：“纬者经之支流，衍及旁义……又盖以妖妄之词，遂与谶合而为一。”纬书共有类种，其中《易纬》有《稽览图》、《乾凿度》、《坤灵图》、《通卦验》、《是类谋》、《辨终备》等种，《诗纬》有《推度灾》、《氾历枢》、《含神雾》等种；《礼纬》有《含文嘉》、《稽命征》、《斗威仪》等种；《书纬》有《璇玑钤》、《考灵曜》、《刑德放》、《帝命验》、《运期授》等种，《乐纬》有《动声仪》、《稽耀嘉》、《叶图征》等种，《春秋纬》有《演孔图》、《元命包》、《文耀钩》、《运斗枢》、《合诚图》、《感精符》、《考异邮》、《保乾图》、《汉含孳》、《佐助期》、《潜潭巴》等种；《孝经纬》有《援神契》、《钩命决》等种。纬书的标题都很奇怪，使人索解为难。作者故意搞成这样，以显示其神秘性。纬书的内容主要讲灾异和符命、阴阳五行、天人感应等神学思想，除个别篇章包含少许自然科学知识外，大都荒诞不经，没有多少理论价值。